Offre de Stage M2 Recherche : Importance du Microclimat Sous Couvert Forestier dans la Dynamique d’Invasion du Cerisier Tardif

Contexte, problématique et objectifs du stage :

L’introduction, l’installation et la colonisation des plantes exotiques envahissantes au sein des écosystèmes impliquent des enjeux majeurs en termes de santé publique, de biodiversité et de biologie de la conservation. Identifier les déterminants impliqués dans les différentes étapes de la dynamique d’invasion constitue une question importante de la recherche portant sur les invasions biologiques aujourd’hui considérées comme l’une des facettes prédominantes des changements globaux et de leurs impacts sur la biodiversité. En forêt de Compiègne, le cerisier tardif a déjà fait l’objet d’importants travaux de recherche permettant d’identifier certains des déterminants de sa dynamique d’invasion. Néanmoins, l’impact du climat et notamment du microclimat sous-couvert forestier reste encore méconnu. Ce stage a donc pour objectif de quantifier l’importance du microclimat sous-couvert forestier ainsi que son impact éventuel sur la dynamique d’invasion du cerisier tardif en Forêt de Compiègne. Un important réseau de microsondes météo (HOBO Pendant Temp Logger 8K : UA-001-08) a été mis en place au cours de l’automne 2016 sur l’ensemble de la forêt de Compiègne suivant un échantillonnage aléatoire stratifié réalisé à partir de données physiographiques (modelé du terrain) et biophysiques (couvert forestier) issues d’images LiDAR. Dans le cadre de son stage, l’étudiant(e) participera à plusieurs campagnes de terrain pour la récupération des données déjà enregistrées sur le réseau de loggers. L’étudiant(e) aura en charge de traiter et d’analyser les premières données microclimatiques extraites et de les relier à la distribution du cerisier tardif en forêt de Compiègne. Outre les données microclimatiques qui seront disponibles au cours du stage et les données de télédétection (images LiDAR et hyperspectrales) déjà disponibles via des projets antérieurs (cf. DIARS), l’étudiant(e) bénéficiera également de données issues de campagnes d’inventaires sur la présence ou l’absence du cerisier tardif dans les différentes strates (herbacée, arbustive et arborée), ainsi que des données de contexte (cf. sol) permettant de discriminer les différents effets sur la dynamique d’invasion du cerisier tardif. Suivant l’avancement du stage, l’étudiant(e) pourra également réaliser un inventaire floristique complémentaire sur le réseau de placettes permettant ainsi de préciser le contexte local.

Profil recherché :

Le candidat ou la candidate doit avoir une solide formation en écologie et connaître les bases en statistiques. Il s’agit d’un stage axé recherche basé sur la manipulation de données qui nécessitent les compétences d’un ou d’une élève ingénieur(e) ou de master 2 ayant un gout prononcé pour l’analyse de données. Il ou elle devra faire preuve d’initiative, de curiosité, d’autonomie, de rigueur et de créativité. Des compétences en écologie végétale, en botanique, en manipulation de données et en programmation informatique, notamment en langage R, sont des atouts importants pour la candidature. Le stage nécessitant une ou plusieurs campagnes de terrain, il est préférable que l’étudiant(e) soit en possession d’un permis de conduire et d’un véhicule personnel pour assurer ses déplacements sur le terrain.

Localisation, encadrement du stage et contacts :

L’étudiant(e) sera basé(e) dans les locaux de l’unité de recherche Edysan (Ecologie et dynamique des systèmes anthropisés : FRE 3498) de l’Université de Picardie Jules Verne (UPJV) et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), au 1 Rue des Louvels à Amiens. Ce stage sera co-encadré par :

– Jonathan LENOIR (jonathan.lenoir@u-picardie.fr), Enseignant Chercheur ;
– Fabien SPICHER (fabien.spicher@u-picardie.fr), Ingénieur d’Etudes ;
– Emilie GALLET-MORON (emilie.moron@u-picardie.fr), Ingénieure d’Etudes ;
– Tarek HATTAB (hattab.tarek@gmail.com), Post Doctorant.

Atouts du stage :

– au niveau thématique : problématique de recherche sur un sujet enrichissant et d’actualité (cf. microclimat et microrefuges en contexte de changement climatique) ;
– au niveau humain : encadrement par un Enseignant Chercheur, deux Ingénieurs d’Etudes et un Post Doctorant ;
– au niveau scientifique et technique : recherche bibliographique, utilisation de microsondes météo, manipulation de données issues de la télédétection (LiDAR), analyses statistiques, interprétations des résultats, synthèse et rédaction.

Indemnisations :

537 EUR/mois + remboursement des frais de déplacements éventuels.

Durée du stage :

6 mois entre Janvier/Février/Mars et Juin/Juillet/Août 2017. À préciser avec l’étudiant.

Modalités et date limite de candidature :

Les candidatures sont à envoyer, sous forme d’un CV et d’une lettre de motivation, avant le 15 Janvier 2017 à Jonathan LENOIR (jonathan.lenoir@u-picardie.fr), Fabien SPICHER (fabien.spicher@u-picardie.fr), Emilie GALLET-MORON (emilie.moron@u-picardie.fr) et Tarek HATTAB (hattab.tarek@gmail.com).

A Call for a Post-Doc Position in Ecoinformatics and Vegetation: Combining Remote Sensing and Field Data in a Toolbox to Map Non-Native Plant Distribution

Project aim:

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Saplings of Prunus seronita, a non-native plant, in a mixed Oak-Beech forest stand in Compiègne (France)

This postdoctoral position is part of a BiodivERsA project entitled “Detection of invasive plant species and assessment of their impact on ecosystem properties through remote sensing (DIARS)”. By combining field data together with two aircraft remote sensing technologies (hyperspectral imaging and light detection-and-ranging), DIARS aims at monitoring and modelling spread and risk assessment of invasive plant species at fine spatial resolution. Both remote sensing and field data are already available within the DIARS consortium for three different study sites (Belgium, France and Germany). The postdoc will develop a toolbox in a Free and Open Source environment (cf. R or GRASS GIS) to help end-users to combine both remote sensing and field data in a modelling framework that will allow mapping the invasion dynamic of non-native plants. More specifically, the toolbox will handle hyperspectral data preprocessing and classification, LiDAR data processing, species distribution modeling based on spatial proxies as well as field occurrences, and spatial representation of the uncertainty related to statistical modeling procedures. There will be many opportunities for independent and collaborative research in related areas of ecoinformatics.

Canopy_density

Canopy density derived from LiDAR data at 50-cm resolution across the entire Compiègne forest (144 km2) in northern France (Tarek Hattab)

The candidate is expected to have the following qualifications:

  • A Ph.D. in environmental sciences, computer sciences, statistics or mathematics;
  • Cutting-edge expertise in modeling and advanced statistical analyses;
  • Coding skills in Free and Open Source environments (R or GRASS GIS);
  • Basic knowledge and interest in plant ecology and biological invasions;
  • Experience in remote sensing;
  • Strong collaborative skills;
  • Proven abilities to publish at a high International level;
  • Good oral and written communication skills in English;
  • Ability to self-manage European project under European Commission, e.g. FP7.

Supervisors and collaborators:

The main supervisors are Dr. Jonathan Lenoir and Dr. Duccio Rocchini who are Associate Professor in Biostatistics and Researcher in Geographical Modeling and Spatial Ecology, respectively. The postdoc will work in close collaboration with Tarek Hattab, who is a Post-Doctoral fellow involved in DIARS, and will benefit from interactions with researchers in remote sensing (Dr. Ben Somers, Dr. Feilhauer Hannes, Prof. Sebastian Schmidtlein and Prof. Gregory Asner), conservation ecology (Prof. Olivier Honnay) and biological invasions (Prof. Guillaume Decocq).

Where:

Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés (EDYSAN), Jules Vernes University of Picardie, Amiens, France. EDYSAN is a young, diverse, vibrant and international research community with strong collaborative interdisciplinary ties within and beyond Amiens. More information about the people and research activities of the group can be here.

When:

The postdoctoral position should start at the latest on January 1st 2016. For further information, please contact: Dr. Jonathan Lenoir (jonathan.lenoir@u-picardie.fr).

Duration:

One year

Net salary:

2 100 EUR/month

Application deadline:

Please send your CV, including a list of publications, together with a cover letter and the contact information of 3 references to Jonathan Lenoir (jonathan.lenoir@u-picardie.fr). The application deadline is November 23rd 2015.

DIARS is funded by the ERA-Net BiodivERsA, with the national funders BelSPO,
DFG and ANR, part of the 2012-2013 BiodivERsA call for research proposals.

BiodivERsAANR

A Call for a Post-Doc Position in Ecoinformatics and Vegetation: Fine-Grained Modeling of Invasive Plants by Remote Sensing

Digital surface model of the tree canopy from the southern part of the forest of Compiègne (France). Emilie Gallet-Moron2-yr postdoc position in ecoinformatics: fine-grained modeling of biological invasions

This is a call for a PhD who is interested in either biological invasions, remote sensing or species distribution modeling. Applications are invited for a 2-yr postdoc position starting in late 2014 or beginning of 2015 in the research team “Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés (EDYSAN)”, based at Jules Vernes University of Picardie, Amiens, France. EDYSAN is a young, diverse, vibrant and international research community with strong collaborative interdisciplinary ties within and beyond Amiens. More information about the people and research activities of the group can be found here.

The successful applicant will be tightly involved in the BiodivERsA project entitled “Detection of invasive plant species and assessment of their impact on ecosystem properties through remote sensing (DIARS)”. By combining two aircraft remote sensing technologies (hyperspectral imaging and light detection-and-ranging), DIARS aims at monitoring and predicting spread and risk assessment of invasive plant species at fine spatial resolution. Focusing on three different study sites in Southern France, Belgium and Western Germany, the postdoc will use LiDAR-derived data to assess current and future distributions of three invasive plants: one moss (Campilopus introflexus); one perennial herb (Oxalis pes-caprae); and one tree (Prunus serotina). The postdoc will also be involved in an ecoinformatics initiative designing a toolbox to facilitate the use of remote sensing data for assessing and characterizing the ecosystem impacts of invasive plants in a Free and Open Source environment. There will be ample opportunity for independent and collaborative research in related areas of ecoinformatics.

The candidate is expected to have:

  • A Ph.D. in environmental sciences, computer sciences, statistics or mathematics;
  • Cutting-edge expertise in modeling and advanced statistical analyses;
  • Programming skills in Free and Open Source environments (R and GRASS);
  • Basic knowledge and interest in ecology;
  • Strong collaborative skills;
  • Proven abilities to publish at a high International level;
  • Good oral and written communication skills in English.

Experience in remote sensing, species distribution modeling, plant ecology or biological invasions would also be an advantage for the position.

The main supervisors are Dr. Jonathan Lenoir and Dr. Duccio Rocchini who are Associate Professor in Biostatistics and Researcher in Geographical Modeling and Spatial Ecology, respectively. The postdoc will benefit from interactions with researchers in remote sensing (Dr. Ben Somers, Dr. Feilhauer Hannes, Prof. Sebastian Schmidtlein and Prof. Gregory Asner), conservation ecology (Prof. Olivier Honnay) and biological invasions (Prof. Guillaume Decocq).

Please send your CV, including a list of publication, together with a cover letter and the contact information of 3 references to Jonathan Lenoir – jonathan.lenoir@u-picardie.fr